Он еще на тот момент с Борманом не связался, он играл против Гиммлера - и хотел втянуть в это дело Мюллера? И потом, если бы он хотел связать Мюллера с Борманом, ему ничего не мешало прямо об этом тонко намекнуть. Как в классике: "Что если ему очень тонко намекнуть, что им интересуется Ева Браун?\
– Штирлиц! А ведь вами интересуется Ева Браун! – вскричал Борман."

Что до подозрений Мюллера, то он в следующей части, уже твердо зная, что Штирлиц русский шпион, держит его при себе до момента своего бегства из Берлина, пытаясь использовать именно для связи и торга с русскими. Да и Броневой в фильме очень выразительно показал лицом, что Мюллер не верит Штирлицу. "Как я вас перевербовал? За пять минут - и без всяких фокусов" - и по выражению лица ясно, что это он не о Шелленберге.